Obwohl die Kathedrale nach den Angriffen der Hussiten im 15. Jahrhundert nur noch eine Ruine war, erhielt sie 1681 den Beinamen „Splendissima Basilica“ („prachtvollste Kathedrale“). Ende des 17./ 17. Anfang des 18. Jahrhunderts wurde die Kathedrale vom Zisterzienserorden im Stil der Barockgotik unter der Federführung von Johann Blasius Santini-Aichl wiederaufgebaut. Santini integrierte weltweit einzigartige freitragende architektonische Elemente wie das als „Böhmische Kappe“ bekannte Gewölbe und die Wendeltreppe in das Gotteshaus. Nach der Auflösung des Klosters durch Joseph II. und der Umnutzung der Klostergebäude als Tabakfabrik diente die Kathedrale als römisch-katholische Pfarrkirche.

In der Kathedrale finden Sie wertvolle Kunstwerke, z. B. Gemälde von Peter Brandl, Michael Leopold Willmann, Johann Christoph Lischka u. A. Zugänglich ist der untere Dachstuhl, durch den man bis zur Westempore gelangen kann. In der Schatzkammer der Kirche wird eine der wertvollsten Kostbarkeiten Mitteleuropas aufbewahrt – das Original der Monstranz von Sedlec. Neuesten Erkenntnissen zufolge handelt es sich hierbei um eine der ältesten erhalten gebliebenen gotischen Monstranzen der Welt.